• Zona de Protección Integral: incluye los cayos que necesitan mayor protección, ya que en ellos anidan y se desarrollan muchas de las especies del archipiélago. En esta zona sólo se permite la investigación científica, previa autorización de la Superitendencia del Parque Nacional.
• Zona de Ambiente Natural Manejado: abarca los cayos y la zona de la ensenada de Los Corrales, que no pertenecen a otra zonificación, así como las aguas periféricas del archipiélago. Está permitido efectuar paseos en bote, navegar a vela o motor por las rutas señaladas, practicar la pesca deportiva y observar o fotografiar la naturaleza.
• Zona Primitiva Marina: además de las actividades señaladas en la Zona de Ambiente Natural Manejado, también es posible practicar natación, snorkeling, submarinismo, excursionismo por los senderos demarcados, y observación de la naturaleza en grupos no mayores de 15 personas.
• Zona de Recreación y Zona de Servicios: estas zonas ocupan el sector noroccidental del archipiélago, y los espacios que han sido intervenidos, como El Gran Roque, el canal de navegación y el Cayo Dos Mosquises Sur. Además de las actividades que se permiten en la Zona Primitiva Marina y de Ambiente Natural Manejado, se encuentran habilitadas para acampar y practicar deportes náuticos como el velerismo y el esquí, entre otros.
• Zona de Uso Especial: aquí se encuentra ubicada la Estación de Biología Marina Dos Mosquises, que desarrolla programas de investigación. Están permitidas las visitas previa autorización del Instituto Nacional de Parques.
